La raza Pastor de Anatolia lleva el nombre de su tierra natal de Anatolia en la parte central de Turquía, donde todavía son un motivo de orgullo (e incluso han sido honrados en un sello postal nacional).
Se cree que los antepasados activos de la raza se remontan a 6.000 años. Las tribus errantes de Asia central probablemente trajeron los primeros perros tipo mastín al área que ahora es Turquía, y las razas de perros de caza de las regiones del sur contribuyeron a la agilidad, las piernas largas y el carácter distante de Anatolia.
Debido al clima y la orografía de la zona, la población local desarrolló una forma de vida nómada, dependiente de rebaños de ovejas y cabras. La protección de esos rebaños, y de los mismos pastores, era tarea de los perros grandes que viajaban con ellos.
Los perros se conocieron como coban kopegi, que en turco significa «perro pastor». Los perros se quedaban con los animales día y noche, y tenían que ser lo suficientemente rápidos para moverse rápidamente de un extremo al otro de un rebaño muy disperso. También tenían que ser lo suficientemente grandes y fuertes para hacer frente a los depredadores.
El sacrificio severo y la cría de solo los mejores trabajadores dieron como resultado un perro con un tipo uniforme, temperamento estable y excelente capacidad de trabajo. A los perros a menudo no se les daba de comer una vez que pasaban la etapa de cachorro. Vivían matando topos y otros animales pequeños, aunque nunca hiriendo a su rebaño. Estaban equipados con collares de hierro con púas largas para proteger sus gargantas de los asaltantes. Todavía puede encontrar perros de trabajo con estos collares en Turquía hoy.
Los pastores de Anatolia obtuvieron su presentación más entusiasta en los EE. UU. En la década de 1970, aunque antes de eso, el gobierno turco había dado anatolias al Departamento de Agricultura de los EE. UU. Como regalo, para el trabajo experimental como guardianes de rebaños.